La lutte contre les maladies et les ravageurs en agriculture biologique repose avant tout sur l'anticipation des difficultés. Les mesures préventives, comme broyer les feuilles, les fruits et les bois de taille, l'enfouissement des feuilles par le travail du sol, la limitation de la vigueur, sont essentielles. La lutte, avec des produits d'origine naturelle, est ensuite utilisée en dernier recours.

La Chambre d'agriculture du Tarn-et-Garonne propose 2 tableaux récapitulatifs des substances actives utilisées :
- arboriculture biologique et raisin de table
- culture biologique du pommier
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